DNA-lib-screen 研究

依頼されていた論文を書きました。Belief Propagation の情報幾何を勉強するために論文を書いた、ということです。BIB design との関連は共著者さんの貢献です。 任意の c_r(x), r\in G(pooling design) について |r and s| c_r(x) の関数形が となる c_r' …

d-disjunct の構成法を共同研究者から教えてもらいました。 d-disjunct と BIBD や packing (一般のλ) の関連について考察します。

誤り確率最小は rate distortion で定式化できます。考えるべきことは、これが情報理論的に解けるか、です。

スライド書き

発表準備

IBIS submit. 共著者にアブストなどをまとめてもらいました。 しばらく中断していましたが、informal presentation のために復習します。

IBIS アブスト チェック。

debug: Bias correction of BP improves the accuracy of marginal prob. Posterior: threshold to determine the set of positive clones.

R coding. Compute bias terms. Bias correction does not work so well. I've examined a way of determining the threshold for group test.

meeting

重要な例(group test, LDPC)で、一様性の仮定のもとで dominant bias term の exact 計算をしました。上界では #intersection が critical でしたが、これらの例では exact でも #intersection → min 基準が導出されます。上界で効いていますが、重要な例で …

昨日は order opt で min max intersection を導出したが、もっと素直な上界として導出しました。

asymptotic 計算をしました。これも mathematica なしでは到達できない計算でした。 min-max criterion on intersection is derived from the order optimization. これは upper bound ですが、attain する場合もあるので、その意味では tight. 一般で packi…

asymptotic 計算。式が煩雑で正しい式に到達しません。

exact 計算に 2日(20時間)ほど掛かりました。次にすべきことは exact をもとに asymptotic 計算です。 {0,1}^n 上の関数を問題に則した形式で表現することで、どうにか計算をやりとげることができました。若干複雑な式になりましたが、packing design で dom…

calculation of bias term for general c_r. Is min max criterion obtained?

meeting. co-worker had solved the min-max problem: min_graph max_{r,s}|r∩s|. BIB. Junction tree が自明に作れるような、design。

LDPC における BP に関して、検索して見付けたスライド資料を眺めて勉強しました。 Junction tree が自明に構成できる条件をまとめました。これはあまり実用的ではありません。ただ、この条件を満たすなら、junction tree上の exact な BP が loopy BP (のあ…

Junction tree の復習 packing から構成した group test に対応する graph を junction tree にしたとき、separator が 一般には 2つ以上の変数になることを確認。 packing だと、junktion tree 上での収束性・正確性が保証されている BP に帰着すると予測し…

product だけでなく多項式において(つまり任意の関数で)、packing なら摂動の1次が消えることを確認。非常な一般化。 ここまでくると、bipartite graph 上での BP について考える必要があります。 既知のことを、とても回りくどく計算している可能性もある。

帰宅して計算。ここ数日は50枚/dayくらい計算しているだけあって、進展あり。 coding と group test のそれぞれの特徴が、どう packing に効くのか、について理解を得ました。 まだ最も扱いやすい場合の計算しかしていません。この週末の目標は、全体の理解…

いろいろな計算ミスがあり、修正しました。その結果、1つの clone が positive のときに妥当な結果が得られました。 . 2つの clone が positive のときにも妥当な結果を得ました。biasの絶対値の(良い)上界は下式で与えられます: λ≦1で1次の bias 項は e…

計算はあっているようですが、若干悩ましい状況です。optimal bipartite graph が計算結果に依存するのは当然ですが、それが critical な感じです。もっと余裕があると考えていました。仮定は , .

positive clone が2つの場合の bias 項を計算しました。7通りの場合分け。Mathematica なしには、とても出来ません。 bipartite graph に関連した最小化すべき量を近似的に導出しました。design が効いてきそうな関数です(positive clone 1つのときには des…

@おうち

帰宅後に再計算。上記の妥当と思われる近似のもとでの結果: スパースなら bias 項は小さい。 full bipartite に近ければ、やはり bias は小さい。これは不思議である。 ほどほどに edge があるとき、bias 項が最も大きい。 duality とは言わないが、最もspa…

@研究室

計算ミスがあり、修正。各 group での重みを掛けるのを忘れていたので、非常に簡単な式になってしまっていました。修正は比較的簡単でよかったです。 式の計算ばかりでしたが、きちんと計算した結果に対して妥当な仮定を考え、さらに計算をすすめると、group…

計算ミスを認識しました。勝手に binary と思って計算していましたが、修正は比較的簡単に済みそうです。なぜなら簡単な変換で binary になるから。

近似計算で e-curvature の計算と graph のトポロジーの関係を見ました。どうも直感に合わない結果が出たので計算ミスをしていそうです。つまり、短いループがあっても bias 項の dominant term は小さい、と出た。3次の項では、短いループは bias を大きく…

meeting。計算を踏まえて次に考えるべきことを整理しました。 min bias-correct, s.t. #edge

e-curvature の計算を一通り遂行しました。検算してから、添字の包含関係と BP による bias correction について考えます。